Công văn 20723/CHQ-NVTHQ năm 2026 vướng mắc về chính sách thuế, hải quan do Cục Hải quan ban hành

Kính gửi: Hiệp hội doanh nghiệp đầu tư nước ngoài.
(Tầng 10, toà nhà V.E.T, số 96-98 Hoàng Quốc Việt, P. Nghĩa Đô, TP. Hà Nội)

Cục Hải quan nhận được công văn số 118/HHDNĐTNN-HDTN ngày 11/8/2026 của Hiệp hội doanh nghiệp đầu tư nước ngoài tổng hợp vướng mắc về chính sách thuế, hải quan của cộng đồng doanh nghiệp. Về vấn đề này, Cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Vướng mắc về hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu (NVL) nhập khẩu tại chỗ tương ứng với sản phẩm đã xuất khẩu 100%

1. Về thủ tục hải quan

Ngày 06/8/2026, Cục Hải quan có công văn số 19956/CHQ-GSQL trả lời Cục Thuế về nội dung liên quan đến thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam và hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, cụ thể như sau:

“a) Liên quan đến xác định tổ chức, cá nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam:

Định nghĩa “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam” được quy định tại khoản 3 Điều 5 Luật Quản lý ngoại thương, khoản 2 Điều 3 Nghị định số 90/2007/NĐ-CP; Thông tư số 28/2012/TT-BCT ngày 27/9/2012 của Bộ Công Thương quy định chi tiết việc đăng ký quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu của thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam. Tuy nhiên, tại các văn bản này không quy định cơ quan nào có thẩm quyền, hồ sơ, trình tự để xác định “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”. Tại Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành không giải thích khái niệm “tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”. Tại công văn số 399/XNK-THCS ngày 22/7/2024, Cục Xuất nhập khẩu - Bộ Công Thương có ý kiến: “Định nghĩa “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam” quy định tại Luật Quản lý ngoại thương và Nghị định số 90/2007/NĐ-CP chỉ áp dụng trong trường hợp cần xác định quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu của đối tượng này, không áp dụng cho bất kỳ mục đích nào khác”.

b) Về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ:

- Trước thời điểm 01/07/2025: cơ quan hải quan căn cứ quy định tại Điều 35 Nghị định 08/2015/NĐ-CP ngày 21/1/2015 của Chính phủ, Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC và Thông tư số 121/2025/TT-BTC để thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ. Theo đó, các tờ khai hải quan xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ đăng ký tại thời điểm này và đã hoàn thành thủ tục hải quan được thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ.

- Sau thời điểm ngày 01/07/2025: Quy định tại Điều 47a được bổ sung tại khoản 3 Điều 3 Luật số 90/2025/QH15 đã tháo gỡ điểm “nghẽn” của pháp luật liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ theo đúng tinh thần Nghị quyết số 57-NQ/TW ngày 22/12/2024 của Bộ Chính trị về đột phá phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số quốc gia, một lần nữa khẳng định thương nhân nước ngoài được thực hiện hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ mà không yêu cầu phải đáp ứng điều kiện có hay không có hiện diện tại Việt Nam.

Như vậy, trước thời điểm 01/07/2025, các tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã thực hiện thủ tục hải quan theo quy định, đề nghị Cục thuế căn cứ các tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục hải quan để xem xét, thực hiện thủ tục hành chính thuế theo quy định của pháp luật về thuế.”

2. Về xử lý hoàn thuế đối với các tờ khai nhập khẩu tại chỗ

Ngày 31/03/2026, Cục Hải quan đã có công văn số 14596/CHQ-NVTHQ trả lời kiến nghị của Hiệp hội doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam đối với vướng mắc của Công ty TNHH HD Hyundai Đóng tàu Việt Nam về việc hoàn thuế đối với các tờ khai nhập khẩu tại chỗ các nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, cụ thể:

“1. Về chính sách thuế

Việc hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa của các tờ khai nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại điểm h khoản 2 Điều 10; điểm h khoản 2 Điều 12 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 4, khoản 6 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Hồ sơ, trình tự, thủ tục hoàn thuế nhập khẩu đã nộp thực hiện theo quy định tại Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP; Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14; Điều 12 Thông tư số 06/2021/TT-BTC.

2. Về thủ tục hải quan

“a) Trước ngày 01/07/2025

Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP (trong đó điểm c khoản 1 Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐCP quy định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ bao gồm trường hợp hàng hóa mua bán giữa doanh nghiệp Việt Nam với tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam và được thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng hóa với doanh nghiệp khác tại Việt Nam).

Các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp phải đảm bảo quy định tại Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP.

b) Từ ngày 01/07/2025 đến nay

Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Luật số 90/2025/QH15; Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP (hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ là hàng hóa giao, nhận tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài theo hợp đồng mua bán, gia công, thuê, mượn giữa các doanh nghiệp Việt Nam với thương nhân nước ngoài).

Các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp phải đảm bảo quy định tại Luật số 90/2025/QH15; Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP.”

Đề nghị doanh nghiệp nghiên cứu văn bản nêu trên, đối chiếu hồ sơ và liên hệ với cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan để được hướng dẫn thực hiện.

II. Vướng mắc về hoàn thuế GTGT đối với nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu

Căn cứ khoản 2 Điều 7 Thông tư số 86/2026/TT-BTC ngày 30/7/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định:

“2. Xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu

a) Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa khi nhập khẩu hàng hóa và đã thực hiện kê khai khấu trừ số tiền thuế nộp thừa với cơ quan thuế, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn với cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế;

Kính gửi: Hiệp hội doanh nghiệp đầu tư nước ngoài.
(Tầng 10, toà nhà V.E.T, số 96-98 Hoàng Quốc Việt, P. Nghĩa Đô, TP. Hà Nội)

Cục Hải quan nhận được công văn số 118/HHDNĐTNN-HDTN ngày 11/8/2026 của Hiệp hội doanh nghiệp đầu tư nước ngoài tổng hợp vướng mắc về chính sách thuế, hải quan của cộng đồng doanh nghiệp. Về vấn đề này, Cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Vướng mắc về hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu (NVL) nhập khẩu tại chỗ tương ứng với sản phẩm đã xuất khẩu 100%

1. Về thủ tục hải quan

Ngày 06/8/2026, Cục Hải quan có công văn số 19956/CHQ-GSQL trả lời Cục Thuế về nội dung liên quan đến thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam và hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, cụ thể như sau:

“a) Liên quan đến xác định tổ chức, cá nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam:

Định nghĩa “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam” được quy định tại khoản 3 Điều 5 Luật Quản lý ngoại thương, khoản 2 Điều 3 Nghị định số 90/2007/NĐ-CP; Thông tư số 28/2012/TT-BCT ngày 27/9/2012 của Bộ Công Thương quy định chi tiết việc đăng ký quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu của thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam. Tuy nhiên, tại các văn bản này không quy định cơ quan nào có thẩm quyền, hồ sơ, trình tự để xác định “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”. Tại Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành không giải thích khái niệm “tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”. Tại công văn số 399/XNK-THCS ngày 22/7/2024, Cục Xuất nhập khẩu - Bộ Công Thương có ý kiến: “Định nghĩa “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam” quy định tại Luật Quản lý ngoại thương và Nghị định số 90/2007/NĐ-CP chỉ áp dụng trong trường hợp cần xác định quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu của đối tượng này, không áp dụng cho bất kỳ mục đích nào khác”.

b) Về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ:

- Trước thời điểm 01/07/2025: cơ quan hải quan căn cứ quy định tại Điều 35 Nghị định 08/2015/NĐ-CP ngày 21/1/2015 của Chính phủ, Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC và Thông tư số 121/2025/TT-BTC để thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ. Theo đó, các tờ khai hải quan xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ đăng ký tại thời điểm này và đã hoàn thành thủ tục hải quan được thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ.

- Sau thời điểm ngày 01/07/2025: Quy định tại Điều 47a được bổ sung tại khoản 3 Điều 3 Luật số 90/2025/QH15 đã tháo gỡ điểm “nghẽn” của pháp luật liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ theo đúng tinh thần Nghị quyết số 57-NQ/TW ngày 22/12/2024 của Bộ Chính trị về đột phá phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số quốc gia, một lần nữa khẳng định thương nhân nước ngoài được thực hiện hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ mà không yêu cầu phải đáp ứng điều kiện có hay không có hiện diện tại Việt Nam.

Như vậy, trước thời điểm 01/07/2025, các tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã thực hiện thủ tục hải quan theo quy định, đề nghị Cục thuế căn cứ các tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục hải quan để xem xét, thực hiện thủ tục hành chính thuế theo quy định của pháp luật về thuế.”

2. Về xử lý hoàn thuế đối với các tờ khai nhập khẩu tại chỗ

Ngày 31/03/2026, Cục Hải quan đã có công văn số 14596/CHQ-NVTHQ trả lời kiến nghị của Hiệp hội doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam đối với vướng mắc của Công ty TNHH HD Hyundai Đóng tàu Việt Nam về việc hoàn thuế đối với các tờ khai nhập khẩu tại chỗ các nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, cụ thể:

“1. Về chính sách thuế

Việc hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa của các tờ khai nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại điểm h khoản 2 Điều 10; điểm h khoản 2 Điều 12 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 4, khoản 6 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Hồ sơ, trình tự, thủ tục hoàn thuế nhập khẩu đã nộp thực hiện theo quy định tại Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP; Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14; Điều 12 Thông tư số 06/2021/TT-BTC.

2. Về thủ tục hải quan

“a) Trước ngày 01/07/2025

Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP (trong đó điểm c khoản 1 Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐCP quy định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ bao gồm trường hợp hàng hóa mua bán giữa doanh nghiệp Việt Nam với tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam và được thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng hóa với doanh nghiệp khác tại Việt Nam).

Các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp phải đảm bảo quy định tại Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP.

b) Từ ngày 01/07/2025 đến nay

Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Luật số 90/2025/QH15; Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP (hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ là hàng hóa giao, nhận tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài theo hợp đồng mua bán, gia công, thuê, mượn giữa các doanh nghiệp Việt Nam với thương nhân nước ngoài).

Các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp phải đảm bảo quy định tại Luật số 90/2025/QH15; Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP.”

Đề nghị doanh nghiệp nghiên cứu văn bản nêu trên, đối chiếu hồ sơ và liên hệ với cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan để được hướng dẫn thực hiện.

II. Vướng mắc về hoàn thuế GTGT đối với nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu

Căn cứ khoản 2 Điều 7 Thông tư số 86/2026/TT-BTC ngày 30/7/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định:

“2. Xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu

a) Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa khi nhập khẩu hàng hóa và đã thực hiện kê khai khấu trừ số tiền thuế nộp thừa với cơ quan thuế, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn với cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế;

b) Cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với trường hợp quy định tại điểm a, điểm c khoản 1 và điểm a khoản 2 Điều này, gửi quyết định hoàn thuế cho cơ quan thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có).”

Căn cứ quy định trên, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu và gửi quyết định hoàn thuế cho cơ quan thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có).

Đề nghị doanh nghiệp nghiên cứu quy định nêu trên và liên hệ với cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan, cơ quan thuế để được hướng dẫn thực hiện.

Trên đây là ý kiến của Cục Hải quan gửi Hiệp hội doanh nghiệp đầu tư nước ngoài biết./.